Địa bàn xã Núi Tô trước đây là một phần xã Tri Tôn thuộc huyện Tri Tôn.

Ngày 11 tháng 3 năm 1977, huyện Tri Tôn hợp nhất với huyện Tịnh Biên thành huyện Bảy Núi[5], xã Tri Tôn thuộc huyện Bảy Núi.

Ngày 25 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định 181-CP[1]. Theo đó:

• Tách các ấp Cây Me, Xoài Tòng A, Xoài Tông B, Cơray Ven và một phần các ấp kinh Ô Bà Lẫy của xã Tri Tôn để thành lập thị trấn Bảy Núi, thị trấn huyện lỵ huyện Bảy Núi (nay là thị trấn Tri Tôn)
• Đổi tên xã Tri Tôn thành xã Núi Tô.

Ngày 23 tháng 8 năm 1979, huyện Bảy Núi được chia lại thành hai huyện Tri Tôn và Tịnh Biên[6], xã Núi Tô thuộc huyện Tri Tôn.